仅仅经历半个多世纪，抗菌药能杀灭所有细菌的现状一去不复返，新的耐药菌取代了老的敏感菌，全球耐药性问题已经相当严重，在资源有限的国家尤为突出。耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)，耐万古霉素肠球菌(VRE)，多重耐药革兰阴性杆菌，耐氟康唑假丝酵母菌等的迅猛增长和传播，使医院面临空前的危机，其他耐药菌，如肺炎链球菌、淋球菌、沙门菌等多重耐药的细菌，虽不是以医院为基础，但仍应严密监测。社区获得性耐药菌和医院获得性耐药菌有着共同的流行病学特征：不正确的处方行为，人口流动性增加，耐药菌在拥挤场所中，通过人—人途径传播。医院还是社区耐药病原菌传播的贮菌所。尽管发展中国家抗菌药的人均费用较低，但总的医疗费用中35%都是用于抗菌药，而发达国家仅为11%。发展中国家滥用抗菌药的现象很普遍。

最常用的氨苄西林、复方磺胺甲噁唑、四环素等价廉的药物，通过监测发现其耐药率比发达国家的报告高很多。引起呼吸道感染和脑膜炎的病原菌，如肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、卡他莫拉菌、脑膜炎奈瑟菌、结核分枝杆菌的耐药性也在迅猛增加。耐药菌在肠道和性传播疾病中也很常见，这是由于滥用抗菌药造成强大的选择性压力，导致多重耐药菌的出现和传播，这是因为发展中国家没有感染控制计划的后果。