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利用某种生物来杀灭或清除病原微生物的方法称为生物消毒法。如粪便和垃圾的发酵,利用嗜热细菌繁殖产生的热量杀灭病原微生物。此外,水在砂滤时,可依靠生物在新陈代谢过程中的生物膜将微生物滤除。此类方法过程缓慢,效果不完全可靠,对细菌芽孢一般无杀灭作用。