消毒工作往往会受到各种因素和条件的影响与限制，所以在消毒之前，要根据消毒的目的、条件和环境情况等因素综合考虑，选择一种或几种切实可行的消毒方法。
    一、根据病原微生物选择
    由于各种微生物对消毒因子的抵抗力不同，所以要有针对性地选择消毒方法。一般认为，微生物对消毒因子的抵抗力从低到高的顺序为：亲脂病毒（乙肝病毒、流感病毒）、细菌繁殖体、真菌、亲水病毒（甲型肝炎病毒、脊髓灰质炎病毒）、分枝杆菌、细菌芽胞、朊病毒。对于一般细菌繁殖体、亲脂性病毒、螺旋体、支原体、衣原体和立克次体等，可用煮沸消毒或低效消毒剂等常规消毒方法，如用洁尔灭、洗必泰等；对于结核杆菌、真菌等耐受力较强的微生物，可选择中效消毒剂与热力消毒方法；对于污染抗力很强的细菌芽孢需采用热力、辐射及高效消毒剂的方法，如过氧化物类、醛类与环氧乙烷等。另外真菌孢子对紫外线抵抗力强，季铵盐类对肠道病毒无效。
    二、根据消毒对象选择
    同样的消毒方法对不同性质的物品消毒效果往往不同。例如物体表面可擦拭、喷雾，而触及不到的表面可用熏蒸，小物体还可以浸泡。
    在消毒时，还要注意保护被消毒物品，使其不受损害。如皮毛制品不耐高温，对于食、餐具、茶具和饮水等不能使用有毒或有异味的消毒剂消毒等。
   三、根据消毒现场选择
    进行消毒的环境往往是复杂的，对消毒方法的选择及效果的影响也是多样的。如进行居室消毒，房屋密闭性好的，可以选用熏蒸消毒；密闭性差的最好用液体消毒剂处理。对物品表面消毒时，耐腐蚀的物品用喷洒的方法好，怕腐蚀的物品要用无腐蚀或低腐蚀的化学消毒剂擦拭的方法消毒。对垂直墙面的消毒，光滑表面药物不易停留，使用冲洗或药物擦拭方法效果较好；粗糙表面较易濡湿，以喷雾处理较好。进行室内空气消毒时，通风条件好的可以利用自然换气法；若通风不好，污染空气长期滞留在建筑物内的，可以使用药物熏蒸或气溶胶喷洒等方法处理。又如对空气的紫外线消毒，当室内有人时只能用反向照射法（向上方照射），以免对人造成伤害。
    用普通喷雾器喷雾时，地面喷雾量为200～300m l／m 2，其他消毒剂溶液喷洒至表面湿润，要湿而不流，一般用量50～200m l／m 2。应按照先上后下、先左后右的方法，依次进行消毒。超低容量喷雾只适用于室内使用，喷雾时，应关好门窗，消毒剂溶液要均匀覆盖在物品表面上。喷雾结束30～60分钟后，打开门窗，散去空气中残留的消毒剂。
    喷洒有刺激性或腐蚀性消毒剂时，消毒人员应戴防护口罩和眼镜。所用清洁消毒工具（抹布、拖把、容器）每次用后清水冲洗，悬挂晾干备用，有污染时用250～500m g／L有效氯消毒液浸泡30m in，用清水清洗干净，晾干备用。
   四、根据安全性选择
    选用消毒方法应考虑安全性，例如，在人群集中的地方，不宜使用具有毒性和刺激性的气体消毒剂，在距火源（50 米以内） 的场所，不能使用大量环氧乙烷气体消毒。
   五、根据卫生防疫要求选择
    在发生传染病的重点地区或患户，要根据卫生防疫要求，选择合适的消毒方法，加大消毒剂量和消毒频次，以提高消毒质量和效率。
   六、根据消毒剂的特性选择
    应用化学消毒剂，应严格注意药物性质、配置浓度，消毒剂量和配置比例应准确，应随配随用，防止过期。应按规定保证足够的消毒时间，注意温度、湿度、PH值，特别是有机物以及被消毒物品性质和种类对消毒的影响