猪流感病毒最常见的是H1N1亚型，但是也存在其它的亚型（如H1N2，H3N1，H3N2）。像感染猪流感病毒一样，猪也能感染禽流感病毒和人类季节性流感病毒。

　　最初曾认为，H3N2猪流感病毒是由人传向猪的。有时，猪能同时感染一种以上的病毒类型，使得这些病毒的基因可以发生重组或重配。这能导致一个流感病毒包含许多来源的基因，称为重组病毒。一般来说，猪流感病毒存在种属特异性、只感染猪，但有时确实能跨越种群屏障引起人类发病。